Com o objetivo de contribuir para os avanços dos conhecimento a respeito da dinâmica de disseminação dessa nova variante, o Grupo Pardini – uma das principais referências em medicina diagnóstica do país – em colaboração com a Rede Corona-ÔmicaBR-MCTI, através do Laboratório de Biologia Integrativa do Instituto de Ciências Biológicas da Universidade Federal de Minas Gerais e com o Laboratório de Virologia Molecular da Universidade Federal do Rio de Janeiro, sequenciou 25 genomas de SARS-CoV-2 pertencentes ao variante viral B.1.1.7 (originária do Reino Unido, também conhecida como VOC202012/01 ou 501Y.V1) provenientes de oito estados brasileiros. O resultado do trabalho de pesquisa alerta para o necessário acompanhamento das variantes virais avaliando sua detecção e dispersão no Brasil, bem como continuar as análises ao longo da pandemia.
Uma força-tarefa realizada pela equipe de Pesquisa e Desenvolvimento da rede de laboratórios Pardini, viabilizou a análise desse enorme conjunto de dados a partir do desenvolvimento de uma ferramenta de bioinformática que permitiu a pré-seleção destas amostras de forma automatizada. Como: um total de 25 amostras coletadas entre os dias 07 e 21 de Janeiro/2021 (semana epidemiológica de 1 a 3), de uma base de 740 mil exames disponibilizados pelo Pardini, apresentaram falha na detecção do gene S foram caracterizadas como pertencentes à linhagem B.1.1.7. Além disso, a análise realizada permite sugerir que a variante B.1.1.7 já estaria circulando no Brasil desde Outubro/2020 nos estados de São Paulo e Rio de Janeiro.
O critério considerado para esta pré-seleção foi a falha na amplificação do gene S, baseado no kit multiplex da Thermo Fisher Scientific para diagnóstico de SARS-CoV-2 por RT-PCR. Deixamos claro que os kits de RT-PCR utilizados pelo Grupo Pardini empregam dois ou três alvos genéticos virais distintos para a detecção do vírus garantindo a eficiência e sensibilidade do diagnóstico de Covid-19 mesmo na presença destas mutações. Assim, a falha na detecção do gene S não invalida o diagnóstico de Covid-19 e já foi descrito como consequência de deleções nas posições 69/70 da proteína de superfície “spike”, caracterizando o variante B.1.1.7 do Reino Unido.
Segundo a PhD Danielle Alves Gomes Zauli, Coordenadora da área de Pesquisa e Desenvolvimento (P&D) do Grupo Pardini, o objetivo é contribuir para estratégias de enfrentamento da Covid-19 no Brasil.
O professor Renato Santa de Aguiar da UFMG, que atuou na avaliação e análise dos resultados, esclarece que a “falha na detecção do gene S não invalida o diagnóstico de Covid-19 e já foi descrito como consequência de deleções nas posições 69/70 da proteína de superfície ‘spike’ (a coroa do Coronavírus)”, o que, segundo ele, permite caracterizar a variante B.1.1.7 do Reino Unido nas amostras observadas.
“Estudos científicos já sugerem que a linhagem B.1.1.7 é mais transmissível e nossas análises mostraram a sua detecção em estados que ainda não tinham essa confirmação”, esclarece o professor Renan Pedra, também do Laboratório de Biologia Integrativa do ICB UFMG.
“Ressaltamos a importância da vigilância genômica para essa variante nos demais estados brasileiros e sugerimos que a falha de detecção no gene S relacionado à deleção 69/70 na proteína viral ‘spike’ deve ser levada em consideração na seleção de amostras pertencentes a esta variante. Os genomas virais já foram analisados e demonstram a presença de outras mutações no gene S, características da linhagem B.1.1.7 como N501Y, P681H, deleção 144Y e A570D. Todos os dados serão disponibilizados em bases de dados públicos nacionais (Corona-ÔmicaBR – LNCC) e internacionais (GISAID) com a posterior submissão do trabalho ao periódico científico”, concluiu Danielle Zauli.
Contextualização
A nova variante genética do Coronavírus (SARS-CoV-2) foi identificada no Reino Unido e na Irlanda do Norte, se tornando uma grande preocupação para as autoridades públicas devido a sua rápida disseminação. A linhagem, que já é predominante na Inglaterra, foi denominada B.1.1.7 (também conhecida como VOC-202012/01 ou 501Y.V1) e possui um conjunto de 17 mutações diferentes em seu genoma, sendo que oito delas encontra-se no gene S, que codifica a proteína Spike. Até o momento, não há estudos correlacionando o grau de severidade da Covid-19 com esta nova variante. No entanto, os estudos conduzidos pela Organização Mundial da Saúde (OMS) demonstram uma maior transmissibilidade desta variante viral.
Equipe envolvida:
Filipe Romero Rebello Moreira1, Diego Menezes Bonfim2, Danielle Alves Gomes Zauli3, Joice do Prado Silva3, Aline Brito de Lima3, Frederico Scott Varella Malta3, Alessandro Clayton de Souza Ferreira3, Victor Cavalcanti Pardini3, Daniel Costa Queiroz2, Rafael Marques de Souza2, Victor Emmanuel Viana Geddes2, Walyson Coelho Costa2, Wagner Carlos Santos Magalhaes2, Rennan Garcias Moreira4, Carolina Moreira Voloch1, Renan Pedra de Souza2, Renato Santana Aguiar2,5.
1 Departamento de Genética, Instituto de Biologia, Universidade Federal do Rio de Janeiro, Rio de Janeiro, Brazil
2 Laboratório de Biologia Integrativa, Departamento de Genética, Ecologia e Evolução, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil
3 Instituto Hermes Pardini, Belo Horizonte, Brazil
4 Centro de Laboratórios Multiusuários, Instituto de Ciências Biológicas, Universidade Federal de Minas Gerais, Belo Horizonte, Brazil.
5 Instituto D’Or de Pesquisa e Ensino (IDOR), Rio de Janeiro, Brazil.
